Naviairs opgave er at levere lufttrafiktjeneste.

Lufttrafiktjenesten omfatter områdekontroltjeneste i København FIR samt indflyvnings- og tårnkontroltjeneste til Københavns Lufthavne, Kastrup og Roskilde og lufthavnene i Billund, Aalborg, Aarhus og på Bornholm.

Der leveres flyveinformationstjeneste i København FIR for VFR-flyvninger og helikopterflyvninger i Nordsøen, i Sønderstrøm FIR op til FL 195 og i Vagar TIZ.

Desuden koordinerer Naviair eftersøgnings- og redningstjeneste i Grønland.

ATM og CNS udstyr, omfattende avancerede databehandlingssystemer, radarstationer, navigations-hjælpemidler (radiofyr mv.) og tale- og datakommunikationsfaciliteter, ejes og vedligeholdes af Naviair.

Herudover leverer Naviair teknisk vedligehold til eksterne kunder.

Naviair uddanner selv alt operativt personale - med flyvelederuddannelsen som den primære. Flyvelederuddannelsen er en 3-årig uddannelse, hvor grunduddannelsen på ca. 13 måneder finder sted på den fælles nordiske flyvelederskole ENTRY POINT NORTH i Sverige. De resterende to år fortsætter uddannelsen i Danmark, dels i Naviairhuset - men også ved en af Naviairs provinsenheder. Uddannelsen omfatter såvel teoretisk undervisning som praktisk træning.

Naviair deltager aktivt i det internationale samarbejde, hvor der på europæisk plan  arbejdes intensivt på en harmonisering af luftrumsstruktur, -procedurer og -systemer. Formålet er at øge fleksibiliteten og kapaciteten det europæiske luftrum samt reducere omkostningerne til fordel for luftfartsselskaber, passagere og samfund.