Inklusive opgraderingen af det eksisterende system, nye simulatorer til undervisningsbrug og en lang række mindre systemer skal der alt i alt mere end 50 projekter til for at etablere det nye flyvekontrolsystem. Naviair leder hele processen og har selv integrationsansvaret, mens en række firmaer med Thales i spidsen har leveret de forskellige del-elementer. Naviairs ingeniører, teknikere og flyveledere har dermed også ansvaret for test, træning og konfigurering af alle systemer, i tæt samarbejde med leverandører og myndigheder.

Det nye tårn i Kastrup står færdigt i 2004 og herefter begynder indretningen af bygningen. Hele udstyret til flyvekontrolsystemet er stort set leveret med udgangen af 2006. Siden 2006 er udstyret testet og brugt til uddannelse. Siden 1. oktober 2007 kører det nye flyvekontrolsystem i prøvedrift. Det betyder, at systemet bruger de rigtige data fra de fly, som starter og lander i de danske lufthavne og fra de fly, som flyver gennem dansk luftrum, mens flyvelederne ”lytter med” og øver sig. Tilbage stod en endelig godkendelse – først og fremmest af dokumentationen for, at alle systemer fungerede sammen, at instrukser og uddannelse er gennemført og er rigtigt beskrevet. Med den endelige godkendelse modtaget i starten af december kunne Naviair at skifte til det nye flyvekontrolsystem natten mellem den 28. og den 29. december 2007.